تم استحداث برنامج الماجستير في العلوم الصيدلانية كلية الصيدلة / جامعة الزيتونة بداية الفصل الاول للعام الجامعي 2001/2012 . يشمل البرنامج مسار الاطروحة ومسار الامتحان والشامل وتتضمن الخطة الدراسية للبرنامج 33 ساعة معتمدة للحصول على درجة الماجستير في العلوم الصيدلانية